雙清包稅在一定程度上簡化了清關的手續，但也存在關于貨物來源無法解釋的風險。
市面上有為數不少的貨代公司為了能為客戶提供雙清包稅的業務，選擇注冊空殼公司進行營業，且幫助其申請稅號的也只是一知半解的狀態，本身就不是專業從事稅務、法務的人員。而因此，一旦貨柜遭到扣押，貨代公司往往手足無措，沒有具體的應對機制。